为什么氨基酸序列能为确定生物的演化关系提供线索？
因为氨基酸的排列顺序是根据DNA而表现出来的，蛋白质又可以表现生物的性状， 各个生物的DNA分子都是不一样的，因此可以为生物的演化关系提供线索。用于合成蛋白质的各类氨基酸分别对于蛋白质的结构和功能有何意义？
氨基酸序列决定了蛋白质的结构和功能； 疏水性氨基酸可以构成疏水的二级结构，便于蛋白质跨膜、形成更高级结果，还降低活性中心的介电常数，对于酶活性中心的基团间的静电作用增强，加速反应的进行； 酸性或者碱性氨基酸可以决定蛋白质的电荷性，对于酶而言，可以充当质子供体或受体从而稳定底物过渡态，可能在活性中心起到酸或碱催化剂的作用； 侧链带有亲核集团或者亲电基团的氨基酸，在酶的活性中心可能充当电子供体或受体从而稳定底物过渡态，加速反应的进行； 带巯基的氨基酸（半胱氨酸）可以在肽链内部或肽链间形成二硫键，影响蛋白质的折叠和功能； 带羟基/氨基/咪唑基的氨基酸（如丝氨酸，赖氨酸，组氨酸），带基/氨基/咪唑基可氨基酸序列与蛋白质功能的关系
常说 结构决定功能，而氨基酸就是蛋白质的结构基础，虽然在形成这个结构的时候会有很多其他的因素，比如其他蛋白质的影响之类的，但是这个仍然是基础。因此在生物信息学领域中有好多基于氨基酸序列来预测蛋白质功能的算法，而且效果挺不错哟。什么叫做氨基酸序列？是指密码子？碱基序列呢？也是指密码子？
氨基酸序列指一个肽链上从氨基端到羧基端的氨基酸残基的序列。 碱基序列是从一条链上5'端向3‘端的碱基的排列序列。氨基酸的定性鉴定原理
实验原理：
纸层析法（paper chromatography）是生物化学上分离、鉴定氨基酸混合物的常用技术，可用于蛋白质的氨基酸成分的定性鉴定和定量测定。
纸层析法又称纸色谱法，是用滤纸为支持物，所用展层溶剂大多由水和有机溶剂组成，滤纸纤维与水的亲和力强，与有机溶剂的亲和力弱，因此在展层时，纸纤维上吸附的水分是固定相，有机溶剂是流动相。溶剂由下向上移动的，称上行法；由上向下移动的，称下行法。将样品点在滤纸上(此点称为原点)，进行展层，样品中的各种氨基酸在两相溶剂中不断进行分配。
由于它们的分配系数不同，不同氨基酸随流动相移动的速率就不同，于是就将这些氨基酸分离开来，形成距原点距离不等的层析点。
引申：
氨基酸的定性鉴别：紫外吸收光谱法
精密称取酪氨酸、色氨酸、苯内氨酸各适量，分别用水制成1ml含20μg（色氨酸）、40μg（酪氨酸）、200μg（苯丙氨酸），在波长230~300nm测定各氨基酸的吸收光谱。 在20种天然氨基酸中，只有酪氨酸、色氨酸和苯内氨酸，在紫外区最大吸收，酪氨酸的最大吸收峰的波长275nm处，色氨酸的最大吸收峰在波长280nm处，同时在波长288nm处有一个肩峰，苯丙氨酸最大的吸收峰在波长258nm处，同时在257nm和264nm处有两个较小的吸收峰。由此可见，这三种氨基酸可以通过紫外吸收光谱加以鉴别。